無論是何種凈水器，都要進行定期清洗和更換。對于活性碳、微孔過濾膜等使用的時間最好不要超過三個月；過濾膜要經常反沖洗，一般每天最好沖洗一次，反沖洗的水量應該是正常出水量的兩倍以上。

也可以取出來用消毒液進行浸泡，然后再清洗干凈即可。有些過濾膜的材料是高分子有機物，這些物質對強氧化性的消毒劑的耐受力差，因此要注意使用的濃度、溫度和時間。

不進行定期清洗和更換的凈水器無法保證出水水質的安全。